Si, la Macbook tiene problemas con los puertos USB, pero se solucianaran con updates de sofware, probablemente ya estan solucionados. (Checkear
www.mac.com).
La diferencia que mas afectaria tu decision (y la mia, ya que tambien estoy en duda) seria que la Macbook Pro, tiene memoria propia en la placa de video y la Macbook no.
Esto te afectaria en el uso de la version 1.8 (que controla video), pero no te cambiaria en nada en el uso normal de SSL. Si no te importa mucho el video, creo que mejor ahorrarse el dinero y comprar una Macbook. Eso si, yo le pondria 2 Gb de ram y el disco de 160 Gb.
Advertencia: No compres ninguna Mac con Core Duo, que siempre sea Core 2 Duo.