Ciao,
che computer e sistema operativo stai utilizzando ?

Tipicamente le porte Firewire sono più affidabili ... però non ho mai provato.

Hai mai fatto la prova a cambiare la porta USB( del PC ) ?

Come dice gevola qualche info in più non sarebbe male per cercare di circoscrivere il problema.
Per il discorso USB non è che queste siano meno affidabili delle firewire, ma ci sono delle cose da tenere presente
- USB 2.0 è più veloce della Firewire 400 che normalmente si trova sui normali PC (il MAC solitamente ha sia 800 che 400)
- USB 2.0 per funzionare sfrutta la CPU e quindi pesa sul processore, la Firewaire (sia 400 che 800) no
- I box esterni per dischi da 2.5" fino a quando l'apple non ha messo solo la firewire 800 sui suoi portatili non avevano la firewire 800.

Comunque posso dirti che ho visto suonare con serato più di una persona con più di un disco esterno USB 2.0 (il rugged della lacie ad esempio) per 2 ore senza avere il minimo impallamento, questo con MAC.

si infatti scusate, uso un macbook 13", processore intelcore 2 duo a 2,13 ghz, 2 gb di ram, disco rigido da 160 gb, la versione del serato è la 1.6.3...premetto che il macbook ha poche settimane di vita....

fino a pochissimo tempo fa usavo un pc e mi dava lo stesso problema, pensando fosse la ram, l'ho anche potenziata, ma il problema persisteva...ecco perché sono arrivato alla conclusione che forse potesse essere un problema di hard disk esterno, semmai un problema di ripartizione o na roba del genere

hmm bhe se hai il solito problema su PC e MAC inizio ad avere anche io qualche dubbio sul tuo HD USB ...
Non so quanto costano dei HD Firewire .. ma mi fanno gola .... specialmete se hai un bel MAC

Allora innanzitutto la versione che dovresti usare trattandosi di un macbook con poche settimane di vita dovrebbe essere la 1.9.2 che è l'ultima rilasciata, soprattutto visto che dovresti avere come OSX lo Snow Leopard.

Poi se il disco lo usi solo con il MAC ti consiglio di riformattarlo in HFS+ ovviamente tale disco sarà visibile solo dal MAC e oltretutto con OS superiore alla 8.1

Intanto puoi provare a far girare dal PC (se il disco è in FAT32) dei tool di diagnostica.

Il disco esterno è stato "assemblato" da te? Nel senso hai comprato un disco e il box o hai preso tutto già pronto? E' da 2.5" o 5.25"?
Se da 2.5" ed ha la possibilità di essere alimentato alimentalo. I MacBook hanno 1 USB che fornisce corrente a suffiecienza ed una no, sul MacBook Pro 17" invece sono 2 Ok ed una no.

Comunque se non hai grandissime quantitatà di file (oltre i GB che ti mette a disposizione il MAC) ti consiglio di tenere e suonare con il disco interno, magari ti ompri un bel 7200rpm come ho fatto io e lo sostituisci, e l'esterno lo usi come backup.

@gevola
il firewire 800 che ho visto io, ovvero il rugged della lacie (quindi disco da 2.5") ha un prezzo variabile da 109€ fino a 209€ (sul sito quindi si trova anche a meno) con tagli che vanno da 250 a 500 e per alcuni tagli puoi scegliere se a 5400rpm o 7200rpm
Io un pensierino ce lo sto facendo (avendo MAC) anche perchè ad 800 è un prodotto nuovo...