Я как-то не сталкивался)) а у тебя как настроено в setup? скинь скриншот

порядок отображения cue поинтов задается в настройках, возможно два варианта: хронологически (по времени трека) и в произвольном порядке (в каком порядке ты изначально их назначил)

а у меня другой вопрос - по лупам: когда ставишь автолуп и потом делаешь его все меньше и меньше, бывает так, что в этом лупе либо просто пустое место остается, либо какой-то мега короткий отрезок и луп сбивается (трек тупо дальше идти начинает), вот неоднократно замечал такое. не всегда так, но бывает - примерно 3 из 10 раз

Луп лупу — рознь))